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人们常常将《永乐大典》与《四库全书》相提并论，殊不知，两者虽然都是中国历史上无与伦比的重要文献，但其文献性质却截然不同。《四库全书》是丛书，而《永乐大典》是类书。
清代乾隆皇帝很想比肩中原皇帝，想做一番大事。康熙、雍正朝曾纂修过一部大型类书《古今图书集成》，乾隆皇帝对这种类书的体例很不以为然，他说，类书虽然能够兼收并录，极方策大观，但“因类取裁”的方法使得人们无法看到书籍的全貌，溯其源流，征其来处。他要做前人未做之事，修纂一部大型丛书──《四库全书》，以补类书的缺失。还把藏《四库全书》的阁名用渊、源、津、溯来命名，凸显他的这部书才真正能够“溯其源流”。这时，安徽学政朱筠和四库总裁于敏中都建议乾隆皇帝辑佚《永乐大典》中的大量散佚古籍，得到了乾隆皇帝的重视。在开四库全书馆之初，他连颁两道圣旨，下令辑佚、汇订《永乐大典》中的古书善本。
乾隆三十八年，四库全书馆校勘《永乐大典》，参加辑佚的有当时著名学者戴震、邵晋涵、周永年等共39人。其中，周永年在宋、元人诗文集上用力最勤。邵晋涵辑《旧五代史》、《九国志》，戴震辑《算经》，也各有所成。到乾隆四十六年（年），辑出经、史、子、集四部书共种、卷。著名的有后来被列入二十四史的《旧五代史》、记载南宋初年史实的重要著作《建炎以来系年要录》、查考唐人世系的《元和姓纂》、目录学名著《直斋书录解题》和西晋杜预的《春秋释例》等。至于宋元人的诗文集更达到了种，许多失传的重要典籍都通过这次辑佚恢复了原貌。
但乾隆皇帝与永乐皇帝不同，没有兼收并蓄的胸怀，加之满清定鼎中原刚刚百年，对宋、明人指斥谩骂北方少数民族的言辞十分忌讳。所以在辑佚中坚持儒家正统观念，认为“菁华已尽，糟粕可弃”，凡佛道、戏曲、小说等概不辑录，对于牵涉违碍的言辞也毫不留情面，一概删去。有些科技方面的著作，如邓御夫的《农历》卷详细程度超过《齐民要术》，还有些军事方面的发明为怕洋人学去，也都丢掉，不加采录。甚至已经辑佚出的散片如《兼金合璧》、《晋史挥尘》等，或签出的典籍《元一统志》等重要的方志类书籍，都弃置不顾，所以，这次系统辑佚古书工作留下了永远不可弥补的遗憾。
《四库全书》是中国古代最大的一部官修书，也是中国古代最大的一部丛书。据文津阁藏本，该书共收录古籍种、卷。四库之名，源于初唐，初唐官方藏书分为经史子集四个书库，号称四部库书，或四库之书。经史子集四分法是古代图书分类的主要方法，它基本上囊括了古代所有图书，故称全书。清代乾隆初年，学者周水年提出儒藏说，主张把儒家著作集中在一起，供人借阅。此说得到社会的广泛响应，这是编纂《四库全书》的社会基础。
《永乐大典》是我国古代编篡的一部大型类书，全书正文卷和目录60卷，装成册，总字数约3.7亿字。书中保存了我国上自先秦，宋元以后的佚文秘典，下迄明初的各种典籍资料达余种是中华民族珍贵的文化遗产，是中国古代最大的百科全书。
《永乐大典》即是先按字韵再分类的编排方法，即所谓“用韵以统字，用字以系事”。类书的性质有学者将其誉为“百科全书”，但两者又有差别：《永乐大典》是把自古到明初所有的图书资料全面加以搜集，将相关内容一句、一段或整篇、整部书地摘引抄录下来，甚至同一事物有不同说法时也会通通抄录而不管观点对错，其目的是汇编资料，供人参考；西方的百科全书首先是按知识门类确定成若干卷、若干条目，然后延聘具有权威性的专家学者撰述自己的观点或推荐某些研究成果，目的是介绍正确有用的知识、以及学术观点和著作。
有趣的是，由于类书这种百科辞典似的编纂体例，深受读书人的喜爱，成了很多知识分子炫耀自己知识庞杂、渊博的手段之一。因为他们只需要阅读类书中的一些相关词条，就能在与别人交流学问时，展现出阅读过多部书籍的知识量。自清以来，对于《永乐大典》的评价褒贬不一。批评的一方，多指责其体例的不足。如乾隆三十七年（），时任安徽学政的朱筠上奏提出要辑佚《大典》，指出“中秘所贮《永乐大典》，裒集至富，但分析篇次，以四声韵字为部居，割裂破碎，与散佚无异。”《永乐大典》在具体编排时，由于定韵标准不一，选择不精，而且在解释某一词汇时经常照抄原书的整篇文章，这给词汇的检索增加了不少困难。
《永乐大典》的这个“缺点”却对于后世整理和辑佚文献起到了重要的作用，很多书籍不用过度繁琐的找寻就可在《大典》中找到整篇原文。
所以《四库全书》规模更大,但《永乐大典》资料更真实。