入明以后，南戏创作渐盛，开始了以明清传奇为代表的中国双曲史上的又一个黄金时代。这悬文人剧作繁荣的时代，剧运隆兴，直至清代中叶。明清传奇的创作，依然和宗教保持着密切的关系。明代以来，佛、道两教在形式上走向衰微，而实际上佛道两教的宗教精神已渗透到儒教内部。明代理学昌盛，儒学进一步宗教化。儒教之成为宗教，多得力于佛道两教为其支柱。明清两代，“三教归一”的关系不仅得到世的承认，而且得到宗教界权威的认可。
韩愈雕塑晚明高僧株宏有这样的妙论：胡须秀才书一卷，白头老子丹一片，碧眼胡僧裡一肩，相看相聚还相.是同根生，血脉原无间。后代儿孙情渐离，各分门户生仇怨。紫柏大师也说：短佛而长孔、老，短孔、老而长佛者，皆道听途说，非三氏的骨儿孙也。明清两代的传奇作家们，基本上都是“儒者”。如果说唐宋时代的儒者如韩愈、朱熹等辈还挑出过反对佛教的旗号的话，那么，明代的儒者则完全抛弃了这个旗号，公开地追求“懦帽、僧衣、道人鞋“的时髦了。
明太祖朱元璋程朱理学是明代学术的正宗，四书五经为学子所必修。读书做官，修身齐家治国平天下依然是儒者的正事。但是，读书人在营营于仕途经济的同时，又往往爱诵经参禅，也十分向往神仙生活。这种风气的形成，和统治者的提倡有关。朱元璋称帝之前，曾派使者召请四十二代天师张正常。张送给朱一道“天运在太祖”的灵符。朱元璋称帝后，张正常入朝称贺。朱元璋便令张为正一教教主，以“护国阐祖通诚崇道弘德大真人”名义统领道教，赐正二品官衔。朱元璋深知佛教也有佐王纲而理道的功用，所以每年都在南京邀集名僧大作法会，并下令免费发放度滕。
戏曲表演剧照其后的明成祖、明武宗、明世宗、明神宗也都是宗教狂人。不仅帝王家如此，官保阶层也不例外。有明一代最有权威的辅臣张居正，年轻时“见《华严经》，不惜头目脑髓以为世界众生，乃是大菩萨行”。张居正对道款的斋態也大有兴趣。最高统治者如此，一般士大夫对佛道两教更趋之若鹜。明代传奇作家中最有代表性的几位，都是著名的儒士，同时也几乎都是宗教活动家。屠隆作传奇三种，都是宗教信仰的自我表现。
戏曲表演剧照《彩毫记》写李白“进则欲经邦世，小建薪阁之助；退则学道栖真，早证神仙之位。“《修文记》写蒙曜一家潜心佛道，夫要双修，结果双双得道。屠隆可谓宗教剧的专门作家。明代剧坛上最有光辉的传奇作家，当然还是属汤显祖。汤显祖的思想以儒学为根基，但又掺合了浓厚的佛老意识。汤显祖是著名的儒者，在广东徐闻县的贵生书院中，他和朱代的“四夫子”同享香火之祀。汤显祖又从小饱受道教熏陶，深通道经，并亲自烧炼。在佛教界，汤显祖还是一代名僧真可的最好的朋友之一。
抚州名人园汤显祖雕塑汤显祖的名作《南柯梦记》，塞满了佛教的说教，诸如“烦恼”、“三宝”、“化度”、“因果”、“切利天”、“无遮会“等，俨然一本佛学演义。《邮郸梦记》则是以道教故事为框架，写吕洞宾度卢生成仙。其中有关道教的方术，度世离俗，虚无清静，道品仙阶等等，写得活灵活现。《牡丹亭》主要不是写仙写佛，但剧中也活跃着鬼神。杜丽娘的离魂，冥判，回生，其实还是宗教意识的反映。在明清传奇中，有标准的儒教宣传戏。丘潜的《五伦全备记》，寰字显圣公的《孔夫子周游列国大成麒麟记》，可为其代表。
戏曲表演剧照也有标准的佛教宣传戏。湛然和尚写的《鱼儿佛》，智达和尚写的《归元镜》，都是现身说法。更有儒釋道三教的综合宣传戏，其代表作就是郑之珍的《目连救母劝善戏文》。郑之珍是没有功名的读书人。他整理和改编了民间流传已久的目连戏，用佛教的因果轮国学说来宣传儒家的孝道。用天堂地狱来褒善贬恶。郑之珍改写过的这部戏文，称得起是明清两代最辉煌的宗教宣传戏。流传之广，影响之深，在戏曲史上罕有其匹。
戏曲表演剧照当然，并不是每一本戏都这样露骨地作三教宣传。大多数剧作还是三教思想的自觉或不自觉的自然流露。明中叶以后，封建道德和宗教进一步合流，并大力地向民间推进。于是，宗教意识在戏曲创作中的反映，就成了相当普遍的事实。翻阅一下《六十种曲》，在那些广为传唱的传奇剧作中，大都有宗教性的情节。入清以后，戏曲舞台的风气并无多大改观。包括“南洪北孔”在内的清代剧作家们，都难以摆脱宗教的影响。
戏曲表演剧照清中叶以后，各种地方戏蓬勃兴起，文人传奇杂剧迅速衰落。民间不知名的戏曲作家们，创作了数以千万计的“乱弹”戏。然而，戏曲舞台仍然和宗教活动保持着密切的关系。以至流传“戏不够，神仙凑”的戏曲谚语。把神仙的出现，作为解决戏剧矛盾的重要手段。所以，人们在向往“大团圆”结局时，升仙入道也是理想的结果之一。总之，千年的熏染，千年的积淀，宗教意识在中国戏曲创作中打下的印记是鲜明的，深刻的。